{tip text="1500 - 1800 n.Chr."}Frühe Neuzeit{/tip}
Im Jahr 1530 setzte Graf Wolff von Gleichen-(Blankenburg)Blankenhain seiner Gemahlin Magdalena, geb. Burggräfin von Donyen, das Schloss Ehrenstein und 5 Dörfer, zu denen auch Kleinhettstedt gehörte, als Leibgedinge aus.
1584 waren die Junker on Osterrode im Besitz eines Teils von Kleinhettstedt zu dem auch die Mühle gehörte. Die später an von Wurmb überging. Die Junker von Oesteröda waren lehnpflichtig der Grafen Gleichen-Blankenhain.
Auf der Ilm wurde bereits vor langer Zeit Holz geflößt. 1640 war dem Herzogtum Sachsen-Weimar die Ilm-Flößerei zugesprochen worden. Im 2. Jahrzehnt des 18. Jahrhunderts ist in den Kleinhettstedter Gemeinderechnungen einige Male von Beschädigungen an den Ilmufern durch Flößscheite die Rede.
In den Jahren 1720 bis 1850 erhielt Kleinhettstedt fast jährlich eine Entschädigung durch die weimarische Holzflößerei für die an dem Ilmufer entstandenen Schäden.
Die Kirche in Kleinhettstedt ist ein spätgotisches Bauwerk mit spärlicher Ausstattung. Die Kirche wurde im 17. Jahrhundert erbaut und erfuhr im Laufe der Jahre mehrere bauliche Veränderungen. Auf dem die Kirche umgebenden Friedhof sind noch immer viele alte Grabmale zu sehen.
Um 1746 - 1748 wird in Dokumenten des Amtes Paulinzella über Instandsetzung des Fußwegs im Lohholz bei Hettstedt berichtet.[1]
In den Akten des Amtes Paulinzella ist ersichtlich, dass die Gemeinden Elxleben, Dienstedt, Wüllersleben und Hettstedt 1781 um Herabsetzung der durch den Brand am Schloss und Vorwerk in Stadtilm auferlegten Baufronen bitten.[2]