{tip text="500 - 1500 n.Chr."}Mittelalter{/tip}

Die erste bisher bekannte urkundliche Erwähnung des Dorfes Kleinhettstedt erfolgte 1292 als "Wenigen Hetestet". Das Dorf entstand aus einer slawischen Siedlung und war ursprünglich als Rundling aufgebaut.

Die Gründung der Siedlung lässt sich durch die Politik des Thüringer Königs Herminafreid erklären, der um 500 n.Chr. Sorben von östlich der Saale in sein Königreich aufnahm, die in der Nähe von germanischen Dörfern siedelten. Die Bezeichnungen dieser Siedlung bekam zumeist den Vorsatz "Minor-", "Wenigen-" und später "Klein-" als Vorsatz vor den Namen des Hauptdorfes.

In früheren Jahren war der Ort politisch selbständig. Erst im 20. Jahrhundert erfolgte ein Zusammenschluss mit der Gemeinde Großhettstedt.

In verschiedenen Quellen werden auch andere Ortsnamen die Kleinhettstedt beschreiben erwähnt:

• {tip text="Quelle: Fiplomarium in Ilmene Nr. 20, Ayrmann"}1252 minor Hetstete{/tip}
• {tip text="Quelle: R.S.A. L. Rudolstädter Schloßarchiv Nr. 18"}1292 Wenigen Hetstete{/tip}
• {tip text="Quelle: Urkundenbuch des Klosters Paulinzelle S. 199, Anemüller"}1338 minor Hetstete{/tip}
• {tip text="Quelle: R.S.A. L. Rudolstädter Schloßarchiv Nr. 175"}1387 Wenig Hetsteten{/tip}
• 1862 Klee Hetschte

Nach dem Bruderkrieg von 1445 bis 1451 wurde die Kleinhettstedter Kirche wieder neu errichtet. Die Kirchenmauer weißt mit der Jahreszahl 1470 auf den Neuaufbau hin.